حضرت ایت الله طاهری طی نامه ای به رئیس مجلس خبرگان رهبری ضمن انکه ایشان را از ذخائزبه حق انقلاب و روحانیت و از یاوران با سابقه و موثر نهضت و حضرت امام رحمه الله برشمرد تاکید کرد : در این برهه حساس روحانیت در آزمونی سخت قرار دارد
بسمه تعالی حضور محترم آیت‌الله آقای هاشمی رفسنجانی (زید عزه العالی) با سلام و تحیت و آرزوی توفیق و سلامتی برای جنابعالی که بحق از ذخائز انقلاب و روحانیت و از یاوران با سابقه و موثر نهضت و حضرت امام رحمه الله می باشید. لازم می دانم از مواضع و سخنان روشنگر و تاریخی جنابعالی در نماز جمعه تهران که بارقه ای از امید در دلهای نگران مردم دمید تشکر و سپاسگزاری نمایم. قطعاًً این مواضع روحیه مقاومت و پایداری در مقابل انجرافات و بدعتهای خطرناک موجود را در همه تقویت و مضاعف نمود. چنانچه مستحضرید شرایط بسیار خطیر و دردناک کنونی که کیان و اسلام و کشور و جان و شرافت مردم را مورد آماج قرارداده است ناشی از فاصله گرفتن عده ای زیاده و قانون گریز از مبانی و اهداف انقلاب و اسلام می باشد که در صورت بی‌توجهی به عواقت آن آثار سود و غیر قابل جبرانی برای انقلاب و کشور عزیز به ارمغان خواهد آورد. امام (ره) بارها وقوع چنین خطری را از این ناحیه پیش بینی می نمود و به زبان و قلم متذکر می‌شد اما متاسفانه وقتی هشدارهای آن پیر خردمند جدی گرفته شد که فراگیری ظلم و انحراف کشور را مورد هجمه قرار داد و خسارات فراوانی بر پیکر مردم سالاری دینی و انقلاب اسلامی وارد نمود. در این برهه حساس روحانیت در آزمونی سخت قرار دارد. اگر نسبت به اعمال و رفتار غیرقانونی و ضد اسلامی این طایفه افزون طلب و دنیاپرست بی‌تفاوت و یا کم اثر باشیم قطعاً مورد مؤاخذه خداوند و معاقب قضاوت تاریخ و مردم خواهیم بود چرا که مشروعیت همه ارکان و افراد در این نظام تنها به عمل به شرع مقدس و فرامین الهی است . این روزها متعاقب انتخابات سیل دستگیری‌ها و تضییقات و رفتارهای خشونت بار ذهن هر انسان آزاده ای را متألم و مشغول نموده است. از حضرتعالی و همه نخبگان انتظار می رود برای پایان دادن به این فاجعه تدبیری اندیشیده و قبل از آن که دامنه آن حیثیت نظام و روحانیت را مورد هجمه بیشتر قرار دهد نسبت به مهار آن اقدام گردد. والسلام علیکم و رحمه الله و برکاته سید جلال الدین طاهری ٣/۵/١٣٨٨